Bereits vor mehr als 100 Jahren kreuzte der Sportclub mit den Mannen vom ältesten und traditionsreichsten Fußballverein der Stadt Halle die Klingen. Damals kämpften beide Mannschaften um den Einzug in die Endrunde um die Deutsche Meisterschaft. In den folgenden Jahren bis zur Machtübertragung an die Nationalsozialisten waren die Hallenser eine echte Hausnummer in Mitteldeutschland.

Am 16. Juli 1896 nahm alles seinen Anfang. Unter dem Namen Hallescher Fußballclub von 1896 wurde der VfL ins Leben gerufen. Er gehört zu den zwölf Clubs, die am 28. Januar 1900 in Leipzig den Verband Mitteldeutscher Ballspiel-Vereine gründeten. Auch als der Deutsche Fußball-Bund in Leipzig das Licht der Welt erblickt, waren Vertreter des damaligen HFC zugegen.

Zwischen 1908 und 1919 gewinnen die Hallenser sechs mal den Titel des Saalegaues. Doch bereits 1905 hatten die Blau-Roten die Meisterschaft der VMBV-Liga I, die sich aus Teams der Regionen Halle und Leipzig zusammensetzte, gewinnen können. Gegen den Meister der VMBV-Liga II spielten sie um den Titel der Mitteldeutschen Meisterschaft und um die Qualifikation für die Endrunde um die Deutsche Meisterschaft. Dort siegte allerdings der Dresdner Sport-Club auf dem Platz des VfB Leipzig mit 3:2 gegen den HFC. Erstmals 1917 und ein zweites mal 1919 konnte man sich dann den Titel Mitteldeutscher Meister sichern. Man siegte in den Finals gleich zweimal gegen den Dresdner Fußballring mit 2:0 und 2:1. Im Anschluß fanden aber keine Endrunden um die Deutsche Meisterschaft statt.

Als die Nationalsozialisten 1933 die Gauligen einführten, gehörte der VfL nicht mehr zur absoluten Spitze seines Gaues. Erst 1937 gelang die Rückkehr in die Erstklassigkeit der Gauliga Mitte, der der VfL bis zur kriegsbedingten Einstellung des Spielbetriebs 1944 angehörte. Bis 1939 musste man im Stadion am Zoo warten, um reichsweit ins Rampenlicht treten zu dürfen. Man konnte sich in den regionalen Vorausscheiden zum Deutschen Pokal für die Endrunde qualifizieren. In der ersten Schlußrunde trafen die 96er auf Helmut Schön und seinen DSC, was gleichzeitig Endstation bedeutete.

Da der BSG Empor Halle in der DDR keine sportpolitische Bedeutung beigemessen wurde, verschwand der VfL bzw. sein Nachfolger in den unteren Ligen des Ostfußballs, mit dem Höhepunkt eines Bezirkspokalgewinns 1963. Erst in den 90er Jahren konnten die Blau-Roten wieder auf sich aufmerksam machen und avancierten zwischenzeitlich sogar wieder zum Stadtprimus und spielten höherklassig als der Lokalrivale HFC. Zu dieser Zeit gab es auch die meisten Spiele gegen die Mohnroten. Zunächst duellierte man sich in der viertklassigen Oberliga. Zuerst verließ der Sportclub die Spielklasse, ein Jahr später folgten die 96er in die Regionalliga. Während dem DSC in der darauf folgenden Saison die Qualifikation für die zweigleisige Regionalliga gelang, traten die Hallenser, ebenso wie die Schwarz-Gelben von der Lennéstraße, den Gang in die Oberliga an.

Nach einem zwischenzeitlichen Absturz in die Verbandsliga, kehrte der VfL Halle 1896 nach acht Jahren Abstinenz im Jahr 2009 wieder in die Oberliga zurück. Insgesamt fünf mal gelang den Hallensern seit dem Beitritt der DDR zum Geltungsbereich des Grundgesetzes der Einzug ins Pokalfinale des Sachsen-Anhalt-Pokals. Zuletzt spielte man 2015 im Endspiel gegen den HFC, das mit 0:6 verloren ging. Anders sah das in den Jahren 1997 und 1999 aus, als sich der VfL gegen Schönebeck und Anhalt Dessau den Pott sicherte. Der erste Auftritt auf bundesweiter Ebene erfolgte 1998/99 im DFB-Pokal. 59 Jahre nach der Niederlage gegen den Sport-Club spielten die Blau-Roten wieder um den Deutschen Pokal. Vor 5.000 ZuschauerInnen am Zoo verabschiedete sich der VfL jedoch mit 0:4 gegen die SG Eintracht Frankfurt gleich in der ersten Runde aus dem Wettbewerb. 1999/2000 hingegen überstand 96 die erste Runde durch ein Freilos. In der zweiten Hauptrunde musste man sich vor 2.116 ZuschauerInnen dem FSV Mainz 05 mit 1:2 geschlagen geben. Nach einem 0:2-Halbzeitrückstand konnte der spätere DSCer André Gumprecht nur noch verkürzen.

Die bekanntesten Gesichter des VfL Halle 1896 sind der Nationalspieler Fritz Förderer, der in elf Spielen zehn Tore im schwarz-weißen Maillot erzielte und Dariusz Wosz, der insgesamt 24mal im Nationaldress für die DDR sowie die BRD auflief und im Nachwuchs die Ausbildung von Empor Halle genoß, mit 15 jedoch zum HFC Chemie delegiert wurde.