Thomas Boden erhielt seine fußballerische Grundausbildung bei der SG Striesen bzw. deren Vorgängervereinen. Seine ersten Meriten im Seniorbereich sammelte Boden beim FV Dresden 06 in Laubegast, der derzeit in der Bezirksliga spielte und mit dem er 1997 den Bezirkspokal gewinnen konnte. Nach seinem Wechsel zum DSC kam Boden erstmal nur in der zweiten Mannschaft, ebenfalls in der Bezirksliga, zum Einsatz. Die Umstellung von drei auf sieben mal wöchentlich Training bereite dem Studenten große Schwierigkeiten. Nach der Qualifikation zur zweigleisigen Regionalliga sollte Boden auch in der Regionalliga zum Einsatz kommen, doch leider musste er eine Rote Karte absitzen, die er in einem Spiel der Zweiten gesehen hatte. Am ersten Spieltag der Saison 2000/01 feierte Boden sein Debüt beim FC Sachsen Leipzig. Vor 6.800 ZuschauerInnen wurde er in der 84. Minute für Rocco Milde eingewechselt. Am 17. Spieltag absolvierte er gegen die SG Wattenscheid die erste Partie über 90 Minuten. Gegen Tennis Borussia Berlin erzielte er am 19. Spieltag vor 1.111 ZuschauerInnen im Heinz-Steyer-Stadion sein erstes Tor unter dem neuen Trainer Hans-Jürgen Kreische. In der Saison 2002/03 avancierte Boden zum Stammspieler, doch nach dreieinhalb Jahren wechselte er in der Winterpause zum 1.FC Schweinfurt.